Colonia Penal
Sin contar algunas posibles residencias temporales de piratas y náufragos, la primera ocupación permanente registrada en Bahía Chatham correspondió a una colonia penal que el gobierno costarricense estableció a fines del siglo XIX.
El General Tomás Guardia, quien gobernó Costa Rica en dos períodos entre 1870 y 1882, ordenó la construcción de un presidio en la Isla del Coco en 1874 (cinco años después de que Jesús Jiménez hubiera tomado posesión de la isla). Este penal estaba destinado a albergar a los reos que -habiendo sido condenados a muerte- se les hubiera conmutado la pena por cárcel, y a aquellos que se considerara necesario mantener lejos de los lugares habitados de la República durante su encarcelamiento.
El General Rafael Villegas viajó finalmente a la Isla del Coco en mayo de 1879 para supervisar el establecimiento de la penitenciaría y la construcción de la casa provisional del Presidio. A inicios del año siguiente fue el presidente Guardia quien visitó personalmente las instalaciones para evaluar su funcionamiento. El presidio consistía de dos edificios en los niveles superiores de la bahía, que servían como comandancia y cárcel respectivamente. En las planicies que se encuentran hacia el suroeste de la bahía se deforestaron cerca de 25 manzanas de tierra (17 ha y media) donde se cultivaba maíz, arroz, plátano, yuca, café, caña, limones y otros productos para el consumo de subsistencia.
Sin embargo apenas dos años después de su instauración, el gobierno decidió cerrar y desmantelar el presidio. Probablemente por los altos costos de mantenimiento del mismo. Esta breve experiencia presidiaria, sin embargo, tendría un profundo impacto en la conformación de la actual Bahía Chatham.